GUANGZHOU, China.- El transcriptoma analizado usando la próxima generación de técnicas de secuenciamiento enriquece la información de los genes de Litopenaeus vannamei.

El camarón blanco viene siendo objeto de muchos estudios, por lo cual se requiere de un mayor conocimiento de su genoma. Los datos disponibles del transcriptoma de L. vannamei son insuficientes para los requerimiento de los investigadores, y no han sido adecuadamente ensamblados y anotados.

Esto llevo a los científicos de la Sun Yat-sen University de China y del University of Missouri, a emplear la técnica de secuenciación del ADN de próxima generación Solexa/Ollumina GA II, para abalizar el transcriptóma de todo el cuerpo de las larvas de camarón blanco.

Los científicos generaron más de 2.4 Gb de datos, y 109 169 unigenes con una longitud promedio de 396 bp fueron ensamblados usando el software SOAP.

73 505 unigenes con buena calidad de secuencias fueron seleccionados y estuvieron sujetos a análisis, entre los cuales 37.80% pueden ser emparejados en la base de datos NCBI Nr, 37.3% en Swissprot, y 44.1% en TrEMBL.

Usando los softwares BLAST y BLASR2Go, 11 153 unigenes fueron clasificados en 25 cluster de Orthologous Groups de proteína (COG), 8171 unigenes fueron asignados en 51 grupos funcionales de Gene Ontology (GO), y 18 154 unigenes fueron dividos en 220 vías de  la Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG) .

Contacto:
E-mail: Esta dirección de correo electrónico está siendo protegida contra los robots de spam. Necesita tener JavaScript habilitado para poder verlo. (XX); Esta dirección de correo electrónico está siendo protegida contra los robots de spam. Necesita tener JavaScript habilitado para poder verlo.

Referencia:
Li C, Weng S, Chen Y, Yu X, Lü L, et al. (2012) Analysis of Litopenaeus vannamei Transcriptome Using the Next-Generation DNA Sequencing Technique. PLoS ONE 7(10): e47442. doi:10.1371/journal.pone.0047442